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SCIEX和Illumina 共同研發(fā)整合蛋白質(zhì)組學和基因組學

近，美國的三個研發(fā)機構發(fā)布了分析和比較蛋白質(zhì)組學和基因組學數(shù)據(jù)的新應用，這些應用方法是OneOmics項目的一部分。OneOmics是Illumina和SCIEX的合作項目。

為了消除不同組學之間的信息壁壘，OneOmics項目將SCIEX基于新一代蛋白質(zhì)組學 的SWATH 采集系統(tǒng)和Illumina公司基于BaseSpace云計算的新一代測序數(shù)據(jù)相結合。Advaita Bioinformatics注：最小抗拉強度值不是鏈條的工作載荷公司、系統(tǒng)生物學研究所和耶魯大學的研究人員也在采用SWATH蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)開發(fā)云技術對與國內(nèi)實驗機廠家來講的應用程序和數(shù)據(jù)庫。

系統(tǒng)生物學研究所副教授Rob Moritz帶領團隊開發(fā)了SWATHAtlas Ion Library Gen"飛機減重能夠節(jié)省燃料本錢erator應用程序，它提供了快捷進入ISB數(shù)據(jù)庫的方法，為具有SWATH采集系統(tǒng)的NGP服務。目前，ISB數(shù)據(jù)庫已經(jīng)包括了人、酵母和結核桿菌蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫。我們很高興成為SCIEX和Illumina合作項目的一部分， Moritz說，ISB和整個學術界開發(fā)的這些應用程序提供了一個強大的解決方案，這不僅給蛋白質(zhì)組學研究道路帶來很大影響，而且將會建成系統(tǒng)生物學數(shù)據(jù)系統(tǒng)。

Advaita公司為BaseSpace平臺研發(fā)了iPathwayGuide分析包。該應用分析包可以用作生化途徑分析、GO分析、miRNA預測、藥物和疾病分析。它簡化了從整合蛋白質(zhì)組學、轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)庫尋找生物數(shù)據(jù)的過程，并將有助于推進生物標志物的發(fā)現(xiàn)和疾病研究。

耶魯大學的Chris Colangelo和Rob Kitchen共同為BaseSpace平臺開發(fā)了RNASeq應用程序。這個應用程序能將一個Illumina的RNASeq實驗數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為一種蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)組，得到的數(shù)據(jù)可以為建立SCIEX SWATHTM采集系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫。因此，它是一個更有針對性的蛋白質(zhì)組學分析方法，這對某特殊疾病的遺傳學研究者來說非常有用。這一系列工作流程是系統(tǒng)生物學研究的普通需求，但直到現(xiàn)在只有少數(shù)專業(yè)的實驗室能滿足這些復雜的生物信息學條款。

SWATHTM采集系統(tǒng)使研究人員能夠準確、多次的從成百的樣品中定量數(shù)以千計的蛋白質(zhì)，從而得到在不同環(huán)境刺激下蛋白質(zhì)組的變化等非常有意義的結論。 SCIEX公司的理論與臨床研究業(yè)務總監(jiān) Aaron Hudson說，下一步是將得到的這些蛋白質(zhì)組學的結論與基因組學和轉(zhuǎn)錄組學等其他組學的結論整合在一起。此項目的三家合作機構ISB、耶魯大學和Advaita Bioinformatics公司都推出了免費的應用程序，這些應用程序?qū)Υ斯ぷ鞣椒ǖ纳钊雽嶒炇液苡袔椭瑫r也鋪設了通向橫跨生命科學中兩大領域的標準化數(shù)據(jù)分析的道路。

編譯：郭浩楠